一直以来，都有日本有学者声称倭寇是对蒙古入侵的报复行为，想以此来给倭寇穿上一层“合理性”的伪装。但其实倭寇早已有之，最早的倭寇记载甚至出现于蒙古崛起之前。
由于日本孤悬海外，与大陆交通不便，在经济文化上全面落后东亚和东北亚国家和地区。所以在古代日本，有相当多的物资需要从大陆进口，小到铁钉，大到寺庙建筑。其承载经济活动的核心物品——钱币，都要仰仗从中国大陆进口。然而日本又以出产金银铜而闻名。对马银山早在七世纪就已开启。因此，随着日本本土金银矿和铜矿的逐渐开发，到了宋代，将日用品贩卖到日本、甚至直接贩卖铜钱，都可以获得极高的利润。东亚大陆与日本的贸易随之繁盛起来。
如同当年罗马帝国崩溃后，修道院成为欧洲文化聚集地一样，随着日本律令制国家的解体，寺庙成为了日本最高水平的文化聚集地。11世纪中后期以来，“欣求净土，厌离秽土”的佛教信仰开始在日本逐渐兴盛。日本国内对佛经、寺庙建筑的要求越发急迫。随着中日航线在数百年来不断开拓下，安全性大为提高。中日直航不再像以前鉴真东渡一般困难，日本僧侣开始不断来往中日两国。日本密宗僧侣荣西于年和年两度入宋，在天台山学习中国佛教的坐禅和寺庙建筑。年荣西归国后，开始传播禅宗思想，随后禅宗思想开始兴起。年，将军源赖家亲自在京都，为日本第一座禅宗寺庙建仁寺开基。随后各地禅宗寺院如雨后春笋般建立。年，京都泉涌寺开工，41年博多崇福寺和承天寺开工，43年，京都东福寺开工。“宋风佛教”开始在日本各地兴盛起来，成为镰仓时代日本佛教改革的重要契机。
僧侣们通过与大陆之间的交流，将先进的文化和技术带回日本。随着中国本土佛教流派在日本的兴盛，文化的传播带来了中国产“唐物”的兴起和繁荣。同时代的中国，北方女真族的兴起，“靖康之耻”后北宋灭亡。赵构在杭州建立了南宋，并将首都从中原迁移至江南。北方战乱，以及政治重心的南移，使江南地区经济急剧发展。为了应对北方女真族的军事入侵，南宋在江淮地区着重发展水军，造船业开始兴盛。随着中国和阿拉伯商人在海上的贸易活跃，通过对海上贸易的船只收税和政府督办，在财政上大大缓解了南宋地方和中央的经济压力，使得中国的造船业和海上贸易变的极其繁荣。
随着海上贸易的发展和造船业的兴盛，南宋的经济中心区域的森林资源开始枯竭。海上贸易的巨大利润，也吸引着有着巨大军费开支的南宋政府。作为南宋首都杭州附近的明州港，其中一条的贸易航线便是直达日本的博多港。而且南宋禅宗的文化中心五山，便是杭州、宁波（明州现属宁波）附近的五座最高级别的山寺禅院。因此当日本入宋僧来到中国的禅宗中心，就会刚好碰上急需资金和军用物资以及木材的南宋商人。
于是两国的海上贸易有了极快的增长。日本僧侣坐船携带南宋经济所需要的金银，军事上制造火药所用的硫磺、造船所用木材到南宋明州，学习南宋的禅宗思想，文化技术，带回陶瓷、铜钱等物品回到日本博多，日本也有了最早的唐人街——南宋海商的唐房。与此同时，宋代海商与日本寺院的联系也变得相当紧密，很多商人在日本的合作方便是寺院和僧侣。年2月，杭州径山寺院被烧毁，江浙地区缺乏重建所需大型木料，于是无准禅师便通过其日本学生圆尔，从日本购得重建所需一千根巨木后，再通过博多宋商谢国明运送至杭州的。
临安府径山万年正续院新建佛殿教藏劝进偈并叙
当时，中日两国贸易额度相当巨大，年北条得宗家一条开往中国的船只在五岛列岛沉没。根据古文书的记载，船上装载金、水银、绢布等和少量武具、漆器等工艺品。年1月，韩国全罗南道新安冲海底发现了一条巨大的古代沉船。根据数年的发掘，从这条沉船上发掘出土了一万八千六百余件青、白瓷器，铜钱八百万枚，紫檀一千余件。从出土的文物上看，这是一条于年沉没的寺社造营料唐船。该船为筹建九州东福、承天等寺的僧侣们在中国大陆福建地区所制造的，由宁波出发，开往日本，后因风暴而飘没于朝鲜半岛。而当时这条线路上的贸易已经有所衰落，但这条元代寺社造营料唐船，其回程上仍携带了如此巨量的现金和陶瓷器。那么又有多少类似船只运送大量的现金和物资，来往于宋元上百年的贸易路线上便可想而知了。所以说，一开始出现的倭寇，并非所谓因元朝入侵所导致的自发报复行为，纯粹因为中、日、朝三地东北亚航线上的巨额利润，吸引着日本当地妄图不劳而获的亡命之徒们。
高丽宣宗十年（年），高丽（即“王氏高丽”，公元年立国）水军在延平岛捕获了一条日本“贸易船”，船员31名，宋人十二名，倭人十九名。这是条奇怪的“贸易船”，除了水银、珍珠、硫磺、法螺等物品之外，还有弓箭、刀剑、甲胄。弓箭、刀剑到还罢了，然而历代法律中，禁止民间私藏甲胄，私人持有甲胄可以说等于死罪。既然甲胄并不可能为了贸易，那便是为了自用。因此，这条非官方的、武装完备到甲胄齐全的“贸易船”，其实就是倭寇船！而这也就是关于倭寇的最早记载！捕获这条船的延平岛，距离高丽首都开城却不到80km。倭寇船在高丽首都沿海活动。意味着，当时日本海寇已经对高丽首都周边沿海海州、延安、礼成、金浦等港口和沿海城市的民间海上贸易、生活构成了极大威胁。
武装船只出现在这些港口城市附近，给了高丽王朝极大的震动。抓到了一条，没抓到的有多少呢？由商人来航数量可以看出，年-年，高丽所登记过的宋朝商人有名。等到发现“武装贸易船”的年的-年间，宋朝商人人数减少到名。等到年-年间，减少到名，到了年~年，甚至锐减至3名。商人人数的急剧减少，意味着高丽海上贸易环境的严重恶化。
由于是甲胄在大陆民间，是根本不可能私人持有的军用物品，而船只所有方和人员均为日本九州。因此，在这类全副武装，刀枪弓箭、甲胄齐全的日本武装“贸易船”中，日本九州地方领主在里面所扮演的角色，便很是耐人寻味了。
有一条这样的日本史料：年，日本九州镰仓幕府御家人（平安时代的日本将效忠上级贵族、武将的武士称为“家人”，镰仓幕府时代，将军被尊称为御，效忠将军的武士便被称为“御家人”，将军分封御家人为领主，而御家人为此承担一定经济和军事义务）松浦党，有一条前往中国的船只，在回来的时候，被风吹到高丽，因为跟高丽的恩怨，所以船只被高丽人烧毁了。查找这个时期年-的来航高丽的宋朝商人，人数是名，为高丽年-年近百年间海上贸易的最高峰。
高丽当然不可能无缘无故的毁坏日本“商船”，那究竟是什么恩怨呢？在这件事的第二年，也就是年，不堪倭寇其扰的朝鲜王氏高丽政权使臣到达日本九州，状告去年，也就是年日本船只对金州的袭击。高丽使节以关闭贸易为威胁，要求日本方面镇压长期以来活跃在东北亚海域的“倭寇”。
倭寇，这个专有名词，就这样第一次正式的出现在了史料上。不满足仅仅劫掠商船的日本武装劫掠团伙们，乘着王氏高丽政权的动荡衰落，登上了朝鲜半岛的陆地，开始进攻城镇。因此，之前那条九州松浦党船只的真实身份也就昭然若揭了。
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